Ich habe hier eine gute Erklärung dafür von Wikipedia:

Autoimmunerkrankung ist in der Medizin ein Überbegriff für Krankheiten, deren Ursache eine überschießende Reaktion des Immunsystems gegen körpereigenes Gewebe ist. Irrtümlicherweise erkennt das Immunsystem körpereigenes Gewebe als zu bekämpfenden Fremdkörper. Dadurch kommt es zu schweren Entzündungsreaktionen, die zu Schäden an den betroffenen Organen führen. Definition [Bearbeiten]

Das Immunsystem ist für die Erkennung und Abwehr von Fremdstoffen, Mikroorganismen und Viren verantwortlich; eine wichtige Rolle spielen T-Zellen, die im Thymus „geschult“ werden, an die eigenen MHC-Moleküle anzudocken und dabei körpereigene Strukturen zu tolerieren.

Dieser Prozess wird als „klonale Deletion“ bezeichnet; bei der positiven Selektion im Thymus überleben nur diejenigen T-Zellen, die MHC-Moleküle auf den körpereigenen Zellmembranen erkennen können. T-Zellen, die eigene MHC-Moleküle gar nicht binden (also erkennen) können, werden eliminiert. Bei der ebenfalls im Thymus stattfindenden negativen Selektion werden danach diejenigen T-Zellen eliminiert, die körpereigene MHC-Moleküle derart fest binden können, dass sie aktiviert werden – was letztlich zur Zerstörung körpereigener Zellen führen würde.

Diese zentrale Immuntoleranz ist eine derjenigen Maßnahmen, die das Immunsystem ergreift, um „sich selbst“ zu schonen und „Fremdes“ bekämpfen zu können.

Bei Autoimmunkrankheiten verhält sich eine Gruppe der T-Zellen abweichend. Zellen des Immunsystems erkennen nun die körpereigenen Strukturen als fremd. Das Immunsystem richtet seine Abwehr (zelluläre wie auch humorale Abwehrreaktionen; Autoantikörper werden gebildet) gegen die körpereigenen Gewebe, während Reparatur-Mechanismen des Körpers nach Möglichkeit versuchen, die geschädigten Organteile zu erneuern. Dieser irrtümliche Angriff des Abwehrsystems setzt sich ohne Behandlung in der Regel lebenslang oder bis zur vollständigen Zerstörung der Zielstruktur fort.